Berdasarkan metodologi pemeriksaan LKPD sebagaimana diatur dalam Petunjuk Teknis Pemeriksaan atas LKPD sesuai Keputusan BPK Nomor 56a/K/I-XX.2/9/2007, tahapan pemeriksaan LKPD meliputi tahapan perencanaan pemeriksaan, pelaksanaan pemeriksaan lapangan, dan pelaporan hasil pemeriksaan yang secara ringkas meliputi 24 langkah, yaitu:
Perencanaan Pemeriksaan:
- Pemahaman tujuan pemeriksaan dan harapan penugasan
- Pemenuhan kebutuhan pemeriksa
- Pemahaman atas entitas
- Pemantauan Tindak Lanjut Rekomendasi Hasil Pemeriksaan (TLRHP) sebelumnya
- Pemahaman Sistem Pengendalian Intern (SPI)
- Pemahaman dan penilaian resiko
- Penetapan materialitas awal dan kesalahan tertolerir
- Penentuan metode uji petik (sampling)
- Pelaksanaan prosedur analitis awal
- Penyusunan Program Pemeriksaan (P2) dan Program Kerja Perorangan (PKP)
Pelaksanaan Pemeriksaan Lapangan:
- Pelaksanaan pengujian analitis terinci
- Pengujian SPI
- Pengujian substantif atas transaksi dan saldo akun
- Penyelesaian penugasan; reviu kewajiban kontinjensi, reviu kontrak jangka panjang, identifikasi kejadian setelah tanggal neraca
- Penyusunan ikhtisar koreksi
- Penyusunan konsep Temuan Pemeriksaan (TP)
- Pembahasan dengan pejabat entitas yang berwenang
- Perolehan tanggapan resmi dan tertulis
- Penyampaian TP
Pelaporan Hasil Pemeriksaan:
- Penyusunan konsep Laporan Hasil Pemeriksaan (LHP)
- Pembahasan konsep LHP dengan penanggungjawab pemeriksaan
- Penyampaian dan pembahasan konsep LHP dengan pejabat entitas yang berwenang
- Perolehan surat representasi
- Penyusunan konsep akhir dan penyampaian LHP
